北京市房山区自2003年10月起开始推行新型农村合作医疗制度，在区委、区政府的高度重视和相关部门的共同努力下，经过摸索实践、总结创新，不断完善体制、激活机制，使合作医疗工作初显成效，迈进全市新型农村合作医疗工作的先进行列。三年实现了三次跨越，一是改变老合作医疗模式，建立新型农村合作医疗制度；二是大幅度提高筹资报销水平，推出多项便民惠民措施；三是由区办乡镇管过渡到区办区管，统筹模式的转变加大了合作医疗资金的抗风险能力，最大限度提高了资金的使用率，有效地缓解了广大农村居民看病贵、看病难的问题。
房山区新型农村合作医疗的主要成效表现在多个方面：一是参合率明显提升。全区参合374517人，参合率由2004年的65.6％上升到2006年的91.9％，位居全市郊区县第一；二是收支基本平衡。截至目前，合作医疗资金支出2496.2万元，占总筹资3794万元的65.8％，预计年底结余率7％左右，合作医疗资金运行安全；三是参加合作医疗农民受益程度大幅提高。住院平均报付率由2004年的11.8％提高到36.6％，达到全市最高水平；政府补助低保、五保和残疾人员的参合款由2004年的10960人次10.96万元提高到2006年的21395人次42.8万元；将60岁以上老人参加合作医疗的报销比例，在治疗中运用中医药、中医适宜技术的报销比例，独生子女户的报销比例提高5个百分点。独生子女户的最高报销封顶线提高至8万元；白内障、尿毒症透析、肾移植服药、恶性肿瘤等特病的门诊费用按住院进行报销；将分娩、精神病和自伤、无责任人的意外伤害等纳入了报销范围；四是人均住院花费稳中有降。由2004年的6899元下降到2006年的4146元，为全市最低；五是年报销金额封顶线大幅度提高。由2004年的2万元增加到2006年的7万元，独生子女户封顶8万元，均为全市最高水平；六是农民主动就医意识增强。参合农民住院率由2004年的1.95％上升到2006年的4.08％。
房山区在推进新型农村合作医疗工作中的主要经验和做法是：
一、政府支持力度大，领导重视程度高。房山区委、区政府高度关注新型农村合作医疗工作的发展，连续三年将合作医疗工作列入区政府折子工程和为百姓办的实事，由区委、区政府督查室直接督办，随时掌握进展情况。2006年，区财政共计投入959.1万元，其中851.1万元用于配套资金支持、弱势群体补助和参加10元档参合人员补助，108万元用于办公设施完善和日常工作开展。区领导对工作进展也高度重视，多次召开合作医疗专题会，并亲自深入农村进行调研，为房山区新型农村合作医疗的制度建设指挥谋划。
二、组织机构健全，人员匹配到位。房山区政府成立了新型农村合作医疗管理委员会和监督委员会，办公室设在区卫生局；成立了区新型农村合作医疗管理中心，负责本区参合农民大病统筹报销和具体业务指导。2006年，新型农村合作医疗实行区办区管后，房山区合作医疗管理中心的编制由原4人增至22人。各乡镇也相应成立了新型农村合作医疗管理委员会和监督委员会，设新型农村合作医疗办公室，编制1人。扩编后的管理中心，人员结构更加合理，专业技术更加精湛，为全区新型农村合作医疗管理工作的规范化创造了条件。
三、科学调整实施方案，逐步完善辅助政策。在房山区实行新型农村合作医疗的起步阶段，通过探索实践和广泛征求意见，深入分析制度运行过程中存在的问题和弊端，不断调整完善实施方案。三年来，全区共对《房山区新型农村合作医疗制度管理办法实施细则》进行了二次大的调整，使调整后的政策更加利民、惠民，在保证收支平衡的前提下最大限度地提高了资金使用率，让参合农民切切实实享受到好处。
同时，通过实行多项特殊政策赋予新型农村合作医疗制度更加丰富、更人性化的内容。一是对弱势群体给予倾斜。全区低保、五保、贫困残疾人个人出资部分由区财政补助；二是照顾特殊群体。60岁以上老年人和独生子女户享受高于正常比例5个百分点待遇，且独生子女户高于年封顶线1万元；三是弘扬祖国传统医学。对使用中成药、中草药和中医适宜技术的报销时高于正常比例5个百分点；四是简化报销程序，放宽就医条件。乡镇卫生院实行门诊直报，患者就医直接结算，使报销程序更加简化、便捷；五是取消区内转诊，参合农民可以在区内定点医院中任选一家医院就医。
2007年，房山区将对新型农村合作医疗制度实施方案继续进行微调。具体措施包括：筹资标准由原来的15、20、40、80元四档变为20、40、80元三档；低保、五保和残疾人的补助标准从原来的每人每年20元提高到每人每年40元，报销比例在原有基础上提高5个百分点；将建国前的老党员纳入政府补助范围，享受低保、五保和残疾人同等待遇。加快信息化建设，建立新型农村合作医疗专网，实行住院直报，简化报销程序，方便参合农民，节省人力物力开支。从2006年年底开始，在区内二级医院开展住院直报试点工作，力争在2007年全区定点医疗机构全部实现网络直报。